O sistema de Gestão da Qualidade da Matosinhos Sport, EM está implementado no âmbito: Gestão de Equipamentos e de Atividades Desportivas e de Lazer. A Matosinhos Sport, EM escolheu a SGS como organismo de certificação, entidade independente e devidamente acreditada, para realizar atividades de certificação de sistemas de gestão da qualidade segundo o referencial normativo NP EN ISO 9001:2008. Em 2018, foi adaptada a versão mais recente da norma, a NP EN ISO 9001:2015.